Creo que estáis mirándolo demasiado bajo el prisma de "buenos" y "malos".
Un clérigo de alineamiento bueno podría necesitar o verse obligado a usar Milagro para sepultar bajo toneladas de piedra una necrop

P)...digo... una ciudad repleta de los enemigos de su deidad (o una situación en la que no hacer algo así de expeditivo diese como resultado un mayor daño)
Un clérigo de alineamiento malvado podría necesitar lanzar un Milagro para proteger a todos los fieles de su templo de un daño atroz provocado por los enemigos de su fe (o para proteger a la gente que quiere)
No sé si al ver malvado en un alineamiento ya creéis que uno no puede tener amigos, amantes o demás siendo XMalvado, de la misma manera que me parece en extremo simplista pensar que un XBueno no va a hacer daño a alguien jamás.
¿Qué puede hacer un Deseo o un Milagro? Usando reglas de 3.5 Básicas sin utilizar Manual Épico, más allá de las normas cuantificables que ya están reguladas fácilmente (replicar conjuros, uso de contraconjuro o remedio para otros hechizos) básicamente podrá hacer lo que el DM/Staff considere adecuado y con un coste proporcional.
Si valoramos que en el servidor hay cabida para los épicos (ni aunque sean PNJs e Ireth, pues todos nos hemos enfrentado a alguno o corrido como conejos de ellos) para mi valdría la pena que el Staff se plantease si engloba dentro de los recursos de trama la Magia Épica, puede pareceros algo muy lejano o absurdo, pero en realidad, las escalas y la proporcionalidad que se adquire al tener claro este punto ayudaría a determinar muchas de estas dudas.
¿Puede un Milagro/Deseo crear un volcán de la nada en el centro de una ciudad? Dependerá de si se contempla la Magia Épica y como usando varias Semillas y una CD astronómica uno puede hacer eso mismo sin un Milagro/Deseo. E incluso si "conviven" ambas dependerá de si el coste de una y otra están balanceados. Quizá tirar un meteorito en la cabeza del Sumo Sacerdote de Isthar le cueste al clérigo/mago que lanza el MIlagro/Deseo su propia vida, pero si lo lanza un clérigo/mago de nivel épico usando la semilla épica de Destrucción, una CD obscena y gastando 10.000 pxs y recibiendo 60d6 de daño todos los asaltos durante un turno, el resultado sea el mismo.
Noo lo vería mal que esos efectos puedan suceder, tanto los hostiles como los defensivos (no buenos y malos, por dios, no caígamos también off rol en una visión tan de túnel), eso si, siempre apelando al sentido común del Staff al que le toque valorar si X PJ podrá realizar una proeza fuera de toda imaginación o si está incluso fuera del rango de poder de un conjuro de nivel 9 lograrlo, o, más interesante, cuál es el coste que eso conlleva para el lanzador.
De la misma manera que apelaría al sentido común del Staff par decidir el coste o similar, también apelaría al sentido común y la generosidad del JUGADOR (que no PJ) al decidir lanzar algo de esa magnitud, cómo, cuándo y porqué.
Soy de la opinión, como lanzador actual de MIlagros que ha sufrido el lanzar uno, que lo más importate no es poder lanzarlos, si saber cuándo hacerlo y porqué se está haciendo. Un objetivo y una resolución, pero que sea de peso, no simplemente porque "puedo" o porque "es mi rol"
P.D. Aún espero la comida, los objetos mágicos o el sepso de las 5 que ya sabéis. La próxima vez os come el liche vuestras carnes morenas.